Todo comienza cuando a Madoka Kaname -una chica de 14 años rodeada de grandes amigas y una buena familia- le ofrecen cumplir un deseo (¡el que sea!) a cambio de convertirse en una Puella Magi (chica mágica) que luche contra poderosas brujas que causan enfermedades, accidentes y suicidios en la gente. Con el transcurso de la trama se irán revelando las verdaderas y siniestras consecuencias de convertirse en una Puella Magi, y por qué la misteriosa chica Homura Akemi (otra Puella Magi) quiere impedir que Madoka se convierta en una.
Puella Magi Madoka Magica consta de un total de 3 tomos, cuyos capítulos se serializaron originalmente dentro de las páginas de la revista Manga Time Kirara de la editorial Houbunsha.

Hacia el final de la historia principal de Madoka, una serie de sucesos evidencia que se han generado diferentes líneas temporales, contando la historia de diferentes maneras y donde los hechos se desencadenan de inesperadas formas. The Different Story retrata una de esas líneas temporales. ¿Cómo habría sido la historia de Madoka si la vida de cada personaje fuera diferente? Esta nueva versión comienza con Mami enfrentándose a las brujas hasta que aparece Kyoko, quien al verla luchar, le pide ser su aprendiz. Los personajes de siempre más otros nuevos, en una apasionante e inesperada nueva historia. The Different Story se permite ahondar en detalles de la vida de las chicas que no se habían contado antes, como el frágil estado mental de Mami presionado por las situaciones que debe vivir, y cómo del trabajo de Kyoko y Mami depende el hecho y el motivo de que Madoka acepte convertirse en Puella Magi.

Una chica se convierte en mágica a cambio de su preciado deseo. El destino de las chicas mágicas, las Puella Magi, es pelear contra las brujas, que lo destruyen todo al plantar las semillas de la desesperación. Y al final, ellas mismas sucumben a eso, al transformarse en brujas también. Este terrible ciclo se ha repetido tantas veces que ha dado lugar al sacrificio de Madoka Kaname, y un nuevo orden se estableció en el mundo. Sin embargo, la batalla de las Puella Magi debe continuar. La razón de todo esto es la compensación por el milagro. Sin poder borrar de su memoria los recuerdos de la muerte de Madoka, Homura Akemi continúa luchando solitariamente en el nuevo mundo que se ha generado. Y sus sentimientos dan lugar a una nueva historia…
Madoka Kaname, la chica que alguna vez fue el pilar para la ley de los ciclos, y Sayaka Miki, la chica que alguna vez perdió su vida cuando se agotó su poder mágico; ambas aparecen frente a Homura. ¿Cuál es el significado de la aparición de dos chicas que se supone que no deberían existir más? ¿Acaso Nagisa Momoe, la nueva Puella Magi de rostro inseguro, tendrá la verdad al respecto? ¿Y qué es ese nuevo enemigo que atenta contra el orden de Dios y amenaza al mundo?

Homura’s Revenge es un spin-off que nos relata qué habría pasado si Madoka Kaname hubiera sabido que la transformación tendría graves consecuencias. Esta recuerda perfectamente otras líneas temporales, pero también lo hace Kyubey. ¿Será capaz Madoka de ir un paso por delante?

Wraith arc es un spin-off que nos trata los eventos ocurridos después del final del anime y antes de la historia del manga que ya publicamos, Puella Magi Madoka Magica Rebellion, sirviendo como puente entre las dos entregas, explicando el nuevo deseo de Homura y cómo acabó su historia con Kyubey al final del manga.